株式会社マツモトキヨシホールディングスの当第２四半期連結累計期間における業績は、売上高2,738億46百万円(前年同期比8.8％減)、営業利益144億96百万円（同21.3％減）、経常利益155億41百万円（同20.9％減）、親会社株主に帰属する四半期純利益97億29百万円（同24.9％減）となった。

同社グループは、「ライフライン」「社会インフラ」であるドラッグストアの使命として、お客様と従業員の安心・安全を最優先しながら、営業時間の短縮、臨時休業等を行う事で多くの店舗において営業を継続するとともに、３つの重点戦略「デジタル化の更なる高度化」「グローバル化の更なる進展」「専門領域での事業規模拡大」を新たに設定し取り組んでいる。また、同社は美と健康の分野で圧倒的なプレゼンスを獲得し、国内ドラッグストアの競争に勝ち残ることを目的に、株式会社ココカラファインと経営統合に向け、2020年４月から資本業務提携を開始している。

具体的には、デジタル化の更なる高度化として、急速に進化するＩＴを活用することで、お客様の生活スタイルの変化や嗜好・ニーズを的確にとらえ、一人ひとりのお客様との距離を縮め、深く繋がれるようデジタルマーケティング基盤を中心に強化している。同社グループの強みとなる顧客接点数（ポイントカード会員／ＬＩＮＥの友だち／公式アプリのダウンロード数）は、2020年９月末現在、延べ7,300万超まで拡大している。

小売事業については、第２四半期も引き続き第１四半期と同様にマスクや除菌関連及び日用品や食品などの特需が郊外型店舗を中心に発生した。繁華街や都心店舗の客数は回復基調となり医薬品と化粧品は苦戦しているものの、回復傾向が見られた。一方で、当第２四半期は前年の消費増税前の特需の反動を受けた。また、インバウンド売上は出入国制限等の影響により、引き続き僅かなものとなった。

調剤事業は、コロナウイルス禍に伴う医療機関への受診を控える動きや処方箋応需枚数は減少したものの、調剤店舗の新規開局などもあり前年同期並みの売上高となった。

店舗展開については、和歌山県内グループ１号店となる「薬マツモトキヨシキーノ和歌山店」をオープンしたことで、国内47都道府県全てに「マツモトキヨシ」グループ店舗の出店が実現した。また、中国エリア１号店となる「薬マツモトキヨシmatsukiyoLAB岡山駅B－1店」のオープンによりmatsukiyoLABは25店舗まで拡大した。当第２四半期連結累計期間において、出店35店舗、閉店14店舗、改装21店舗となり、2020年９月末におけるグループ店舗数は1,738店舗としている。